я не понял, даже после объяснения )
Так... Давай по полочкам.
Берём большую текстуру. Настраиваем glViewport, чтобы он был меньше текстуры. Из-за особенностей гла он будет отрисовывать не во всю текстуру, а только в ту область, которую мы указали. Отрисовываем что нам нужно, а после копируем в отдельную текстуру