Я так понимаю, что колонку насаживают на пробирку, это все центрифугируют, фильтрат скапливается в пробирке. После этого либо сливают только фильтрат, либо его утилизируют вместе с пробиркой для сбора, и насаживают колонку на следующую, чистую, пробирку.