С точки зрения контроля качества ё создает много проблем, причем независимо от объема потраченных усилий ошибки в финальном продукте все равно будут. Я думаю, мнение о якобы затрудненном понимании слов без ё тоже преувеличено: выросли поколения, привыкшие читать е. Остается disambiguation. Тут да, странно было бы запрещать.
Среди лингвистов (в научном смысле слова), кстати, я не знаю людей, которые бы всерьез топили за ё... Это все больше политически-социальная тема, вроде дискуссий о недопустимости "реформы языка" и пр.
Это взгляд со стороны LSP, конечно. Ну и в целом мой личный на проблему.