при нормальной структуре проблем меньше, но всегда есть шанс, что кто-то по незнанию впилит зависимость которой быть не должно, на ревью ёто пропустят, потом выпиливать окажется дорого и вот уже ваш сервис неожиданно зависит от вещей6 от которых по вашей структуре зависеть не должен...
Ну, так лишняя зависимость не зависит от монорепы или не монорепы.
Но вообще, увы, инструментов управления зависимостями по API я вообще не видел. Увы, ни OpenAPI, не protobuf ничего такого не предоставляют (и это причина, по которой я предпочитаю моностековые решения и хорошие IDE)