Я работала в компании, где это оплачивали. Выходные оплачивались честно по КЗОТ, переработки в рабочие дни оплачивали из ставки 200 рублей в час, дольше было их согласовывать... поэтому я не занималась этим.
Чисто с точки зрения ТК РФ, фиксированная ставка за переработку крайне спорный момент, так как должна быть привязана к размеру оплаты труда конкретного сотрудника, а не должности/группы должностей и размеры ее вполне четко прописаны в том же ТК РФ.