Так в течение дня вы правите в ворде, хоть в течение недели, пока заказчик не получит что хочет. Исходники при этом не трогаете. А когда заказчик получает свой финальный док, то вы конвертируете его в мд, который коммитите в отдельной ветке (в этом коммите и будет дифф, по которому вы можете пройтись, чтобы убедиться, что всё ок), по необходимости добавляете ещё правки отдельным коммитом, затем мердж. И вы получаете исходники в актуальном состоянии с историей изменений