В советский период это святое для мусульман место было предано забвению, и службы здесь не осуществлялись. Постепенно мечеть ветшала, но в 1954 году ей было суждено вернуться к жизни благодаря визиту президента Индонезии Сукарно. После визита в Москву президент Сукарно прибыл в Ташкент и попросил, чтобы ему разрешили поклониться останкам святого имама аль Бухари. Республиканские власти, услышав это, на первых порах даже растерялись, потому что уже успели забыть, кто такой Имам аль Бухари и где находится его могила. В спешном порядке была дана команда: немедленно отправить комиссию в Самарканд. Власти не могли отказать президенту Сукарно, потому что в то время по инициативе Н.С.Хрущева Советский Союз стал налаживать международные отношения со многими странами, в том числе и со странами исламского Востока, и поэтому отказ грозил международным скандалом. Но когда чиновники приехали на место, то они увидели крайне неприглядную картину: мечеть заброшена, а на могиле аль Бухари нет даже надгробного камня. И вот по команде высокого начальства, в течение суток, мечеть и прилегающий участок, как могли, привели в порядок, к мечети на скорую руку уложили даже асфальтовую дорожку. Одним словом, мечеть аль Бухари приняла президента Сукарно. И он, поклонившись могиле великого ученого и почтив его память, уехал. Вслед за президентом Сукарно в Советский Союз прибыл президент Сомали Мадиба Кейта, который также, посетив Ташкент, обратился с просьбой предоставить ему возможность побывать на могиле святого Исмаила аль Бухари. После этого, видимо по команде из центра, мечеть Исмаила аль Бухари передали в ведение Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана. И с тех пор мечеть вновь стали посещать молящиеся.
