У вас очень высокоуровневые требования. Попробуте произвести их декомпозицию. Ибо "в одной программе" вызывает кучу вопросов. offline|online? Кроссплатформенная или только Win? Что такое коллективная разработка - это дополнение или внесение правок? Какая "квалификация у исследователей".
Я лишь задал направление для поиска, а искать плюсы/минусы это к ищущему, так как все эти плюсы и минусы субьективны. Например, для меня плюс — это то, что можно редактировать прямо из линуксовой консоли.
Было бы корректнее указать смотреть на т.н. "легковесные языки разметки", т.к. lml (lightweigh markup languages). Среди которых есть семантические, а есть не очень семантические. Кстати, md adoc и rst дело не ограничивается.