1. Обновление - допустим. Но в случае обновления на мажорную версию - не факт ,что получится откатиться не теряя данные. Снапшот VM в этом случае быстрее
2. Переносимость - тоже спорно, apt/yum install mysql:$VERSTION даёт достаточный результат, тем более, что в большинстве случаев это разовая операция (снапшоты для бэкапа)
3. Единый подход ко всему - тут на самом деле ок. Но. СУБД зачатую одна из тех вещей - которую поставил, настроил и забыл на квартал, а потом вспомнил и сделал обновление.
4. Нормально жить на одной железке. На VM нужно железки бить, а не держать вместе кучу баз разделённых контейнерами :)