просто неверующий говорит "выдумка" (если не видел сам) а верующий: "не знаю как, но духовному миру всё возможно"
И да, на самом деле неверующий не обязательно говорит "выдумка".
Тут не надо путать научный подход с "науковерием".
Безусловно если описанный факт противоречит нашим знаниям о вселенной - это повод усомнится в реальности факта. Но по-настоящему последовательный учёный скорее будет уточнять какие-то нюансы, пытаясь вписать "чудо" в свою картину мира и понять что именно не так.
В качестве примера можно привести EmDrive - гипотетический "бестопливный" двигатель, который несколько лет испытывали (нынешняя позиция - наблюдаемая тяга связана с магнитным полем Земли).