В моём понимании наряду с дисциплинами вроде матлогики, абстрактных алгебр, всяких высших топологий и гомотопий, теория категорий - это набор абстракций над абстракциями.
Напрямую её можно применить в каком-то процессе, где вы уже занимаетесь абстракцями.
Например вы разрабатываете новый язык, или какой-то редактор \ фреймворк для комплексных сущностей, я не знаю для физики, химии, инженерии. Вы создали набор абстрактных концептов и теперь можете привести их в порядок, автоматически получить какие-то правила или более сложные абстракции применив одну из вышеуказанных теорий.