сонар считает автоматически покрытие...НО если говорить про покрытие функционала, то я знаю один подход через табличку функциональностей...а именно, список функционала..и вперед анализировать, что покрыто, а что нет. Вроде как пока я не слышал о каком-то инструменте, который был бы настолько умным, что мог бы сам анализировать, что ваша система умеет делать и смотреть какие тесты написаны...поэтому руками