а перед этим какое-то время будет получать зп как джун, не принося дохода вообще
Ну очевидно, если бы компания не получала бы выгоды, джунов никто бы не нанимал (за исключением позиций, где достаточно именно джуна). Чтобы нанять миддла, ему нужно заплатить больше миддловой зп. Потому что он её уже сейчас получает. Если же джун у тебя вырос до миддла, ты ему платишь среднюю миддловую зарплату.