стакаем все UV-шелы в стопки, затем выделяем все стакнутые шелы и смещаем на соседний тайл, например на 1-2. На 0-1, оставляем только по одному шелу от каждого оверлапа.
После сохранения развертки сверяем триангуляцию на нужнымх местах (где у нас идёт нарезка и стоят оверлапы), если будет отличаться — будет криво печь.
Теоретически, с флипами тоже самое.
Перед началом текстурирования в Substance Painter нужно будет шелы с соседних тайлов вернуть обратно в 0-1, т.к. если я правильно понял, Substance Painter работает только c тайлом 0-1 (на счет этого могу ошибаться, ещё не дошёл).
Разворачивать лучше квады, трианглы на полуавтомате неудобно разворачивать и выпрямлять. Вот этот мастхэв инструмент, к примеру, вообще не работает с трианглами на UV.