Я не очень понимаю какой смысл обновлять темы. Это просто не укладывается в парадигму работы с контентом внутри проекта.
Единственный кейс который я вижу это когда весь контент состоит из новостей и товаров и все это лежит в базе, тогда да, действительно, меняй оболочку сколько хочешь а контент останется всегда прежним.
Вот например я купил шаблон для шопоголика Sneakers. Ничего в нем не меняю, но мне нужно добавить ссылки на мессенджеры, которые не учтены в шаблоне. При следующем обновлении это все удалится, как и мой перевод шаблона на русский язык. Получается что после первой установки шаблона никто обновлять его не будет
Поочитай комменты там. Есть две проблемы. Первая это тот самый вопрос, где хранить статику и по моему глубокому убеждению, она не должна храниться в папке темы. Вторая - сохранений правок темы, для этого нужно придумать механизм наподобие родительских и дочерних тем в WP.
Обновление тем нужно для создания рынка тем и готовых сайтов на октябре. Баги всегда находится, а вносить праки руками после очередного обновления, ну такое.