Автоматическая миграция - это очень страшно. И почти гарантированно приведет к останову или сбоям...
Хмм, ну, если какими-то пакетами катится модуль, то внутрь, конечно, можно запихнуть и скрипты миграции схемы БД, но вот чеков на то что накачено/не накачено будет как грязи.