Важно сразу логику понять. Мы обращаемся к каждому элементу массива arr (т. е. до тех пор пока i меньше длины arr], которые сами являются массивами (поэтому ещё нужен вложенный цикл). Во вложенном цикле та же самая логика: обращаемся к каждому элементу массива (теперь массив - это arr[i], а каждый его элемент - arr[i][j]) (т. е. до тех пор пока j меньше длины arr[i] соответственно) и прибавляем к сумме их значения.