Чем вы пользуетесь в TeX, но этого нет в MS Word (если оставить за скобками то, что в MS Word легко сделать плохо)? В данном случае важно, что сам документ делается НЕ в MS Word. Т.е. неудобство работы с самим MS Word мы не учитываем. Самой серьезной проблемой я всегда считал кернинг. Но, сейчас, вроде, здесь всё в порядке.
Касательно CI. Если мы выпускаем любой документ, то необходимо, как минимум, обновить поля. Например, номера страниц в содержании. Для этого документ надо отрендерить. Лучше всего это делает MS Word. Заметно хуже Libre Office. Есть еще xsl-fo вариант и аналогичные. Все не тестировал, но предварительно там можно искать решения для очень узких задач.
Вариант без боли -- только MS Word. Он не противоречит CI. Но мы же за лёгкость, за эффективность.