это два разных инструмента - которые приводят к однму результату с точки зрения кода в репозитории, но разным с точки зрения истории изменений (коммитам) - и выбирать следует исходя как раз из того, чтобы история изменений была понятной - в одних случаях это должен быть merge, в других - rebase