Насчет мерклзации скриптов - насколько я понимаю, в инпут идет часть скрипта, соответствующая коду проверки всех условий и коду актуальных ветвей (then/else). А вот весь неактивный код сокращается до меркл пруфов - хэшей кода, полностью скрывающих неактивную логику. Итого: мы получаем Исполнимый и Валидируемый скрипт, способ хэширования которого гарантирует получение того же меркл-рута, что и у полного скрипта... но это только мои размышления.
@ffstls может наверное развеять заблуждения