Если это новый договор то предыдущие косяки не всчет
Если это пролангация старого, то ту сложнее и тогда нужно указывать более явно какие ошибки не учитываются, то есть с какого числа начинает дейстовать новое положение
Есть на то протокол тестирования, приемо - передаточный акт, если вопрос об ит системах. И если заказчик его подписал и написал что в полном объеме все выполнено и поставлено, то какие могут быть штрафы к исполнителю? Также перед приемом заказа есть договор который появляется после ТТ и ТЗ, в которых описан объем работ. Так же в договоре не лишним прописать п. об ответственности с двух сторон за изменение кода и соответственно гарантийном обслуживании и о том что она оперативную деятельность заказчика исполнитель не влияет. ИТ услуга и система такой же продукт, который решают брать или не брать на свой баланс, а уж как им распорядится потом владелец после покупки его проблемы. Нет такого закона, тогда по аналогии должны например за просроченный кефир возвращать молокозаводы деньги магазинам, но этого же нет