то есть помимо RenderSettings есть какой-то объект меняющий в нем значения? что если этот объект запомнит последнее значение, выживет, и вернет последнее значение после перезагрузки сцены?
Верно, так и есть. Нужно возвращение к исходному после перезагрузки. Как можно отловить состояние, когда сцена обратно возвращается?