Хрущёв не только занимался реабилитацией невинно осуждённых при Сталине, но и наказал тюрьмой и расстрелом несколько сотен самых жестоких сталинистов. Эта внутрисистемная люстрация остаётся самой масштабной в истории России.
До сих пор точная цифра людей, понёсших наказание за сталинизм, не известна. Есть лишь приблизительные оценки, которые разнятся у исследователей. Американский историк и советолог Стивен Коэн в своей книге "Жизнь после ГУЛАГа. Возвращение сталинских жертв" описывает, как шёл процесс осуждения сталинистов, и приводит цифры по наказанным:
"Сразу после смерти Сталина, в середине 1950-х годов, от 50 до 100 сотрудников госбезопасности, начальников и особо жестоких следователей были привлечены к суду; из них 25-30 человек были приговорены к смертной казни, остальные получили различные тюремные сроки. Ещё 2370 человек были уволены или понесли административные наказания с лишением званий, наград, партийного членства – вплоть до пенсий. В целом, в период между 1954 и 1963 годом 46 тысяч офицеров КГБ были отправлены в отставку, хотя не все из них за злоупотребления эпохи террора.
Кроме того, не менее десятка высокопоставленных чинов – генералов НКВД и лагерных комендантов – покончили жизнь самоубийством после хрущёвских разоблачений; большинство застрелились, некоторые вскрыли себе вены.
Фонд Александра Яковлева тоже приводил цифры наказанных сталинистов. Они несколько отличались от данных Коэна:
"В отчёте Комиссии партийного контроля при ЦК КПСС о работе в 1956-1961 годах отмечалось, что ею было рассмотрено 387 персональных дел на виновных в грубом нарушении соцзаконности, и 347 из них были исключены из КПСС. Среди них - 10 бывших министров внутренних дел и госбезопасности (союзных и республиканских) и их заместителей, 77 ответственных работников центральных, областных, краевых и республиканских аппаратов НКВД-МГБ, 72 начальника городских и районных отделов МГБ".
Были свои цифры и у председателя КГБ Ивана Серова. Он докладывал по этому поводу в ЦК КПСС в июне 1957 года:
"С момента образования КГБ при СМ СССР (то есть с марта 1954 года) из органов было уволено более 18 тысяч человек, в том числе более 2300 сотрудников за нарушения социалистической законности, злоупотребления служебным положением и служебные проступки. Около 200 человек были уволены из Центрального аппарата КГБ, 40 - были лишены генеральских званий. 7800 офицеров были переведены на положение рабочих и служащих".