нужно периодически это делать?
Скорее всего иногда. По первой команде генерируется нужная частота (на трасформатор), по второй команде генерация прекращается, и тут хорошо, если на выходе не будет напряжений. Я просто не увидел на схеме инверсию и устанавливал пины в 0, а нужно было в 1. Проверил руками переконфигурацию пинов (битики по регистрам пописал) - работает, через HAL тоже без вопросов, как и должно быть по документации.