Рисуйте на листиках карандашом - согласовывать и править легче. Вам ведь нужно только показать что надо сделать и в каком месте, а не красота. Фоткаете потом и крепите к документу. Времени тратится минимум.
Но вот в визио на скриптах можно сделать очень сложную схему с кучей компонентов и связей, разделить по слоям или процессом и кликабельно отображать только нужные из них.