По моему опыту с разного типа проектов и разным количеством (от 2 до 50 разрабов и от новых до 6+ летних проектов) - мне больше иметь дела с EE/Spring java подходами дел иметь не хочется.
Я все равно не понял чем плохо держать все конфигурации в одном месте как выше писали и когда это не сработает? У меня в сервисах вообще нет бин аннотаций и они инжектятся в одном месте в классах конфигурациях Если что в мире джавы недавно. Меня лично больше в спринг буте напрягает то, что он стартует достаточно медленно. Секунд 40. Не очень получилось найти метрики которые скажут нормально ли это. И то, что он построен на блокирующих операциях. по крайней мере как я понял spring data не умеет ассинхронно работать с jpa. Хоть и есть модный реактивный фреймворк для второго бута. Ну и джава тулы навязывают джава же подход на стеке кода и фреймворка. Мутабельные модели апишки там например Это не страшно просто выглядит некрасиво.