в современном спринг приложении у тебя 1 точка входа и 1 пакет с классами конфигурациями твоими, остальные аннотации в классах лишь дают указание, что создавать IoC контейнеру, а сейчас и без аннотаций это сделать можно. Автоконфигурации легко эксклюдятся и заменяются своими, если требуется. Единственная претензия по делу к спрингу была - это много рефлексии и манипуляции с прокси-объектами в рантайме, но и это проблема уже решается (spring fu) или решена в других комбайнах (micronaut).
А понял, в твоем понимании "современное спринг приложение" это микросервис без зависомостей, в котором только один пакет для конфигов...
Ну ок, как поработаешь в большом приложении с кучей зависимостей приходи рассказать как там всё классно))