Именно, бинарные протоколы нужны там, где нужны. Никто не предлагает передавать видео или звук через json.
Обмен данными, содержащими лайки, идентификаторы пользователей, токены, имена, пароли в микросервисной архитектуре -- это не тот случай для бинарных протоколов.
В целом да, но зависит от доменной области, если где-то мы передаем большие массивы чисел то зачем поддерживать и JSON и protobuf если второй закроет обе ниши? В либах есть функции конвертации протобаф сообщения в жсон, не проблема для отладки вывести его и посмотреть, хз в чем проблема