Странно, ибо на докладах обычно как раз через протобуф и спотыкались с версиями, особенно в микросервисной среде. Получается, команды просто не умеют его готовить и такие "ой всё, пойду возьму жсон"?
У протобафа и других подобных протоколов обычно описываются правила эволюции схемы, например поэтому в третьем протобафе все поля опциональные, во втором можно было разделять на required и optional. Мб помнишь конкретный пример на чем спотыкались?