Мне кажется, у слова "манипуляция" нет негативного окраса.
Тут скорее окрашено "односторонностью".
Кран-манипулятор грузит кирпичи.
Кран может влиять на кирпичи. Перемещать их. Манипуляровать. Кирпичи на кран - не могут.
С манипуляцией так же.
Взаимодействие - подразумевает адекватную обратную связь.
Манипуляция - не подразумевает. Манипулятор проводит действия над объектом манипулирования. Объект, подчиняясь, не догадывается, что им манипулируют, адекватной обратной связи не предоставляет.