Все, домучал таки. Ошибка была скорее всего, что у меня не qmake собирается. Но это ладно. После того, как создал шаблон, необходимо также добавить все эти файлы (+ gradle если ставили галочку) в сборку Cmake, но и также еще и в переменную прописать путь до каталога с шаблоном. Только в этом случае он начнет собирать apk из нужного места.
-----------
if(ANDROID)
set(ANDROID_PACKAGE_SOURCE_DIR "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/android")
endif()
-------
Только после таких танцев у меня стали собираться действительно те файлы из вновь созданного каталога шаблонов