если так уверенно, что "вообще не факт" какие ещё могут быть предположения при таком поведении проги?
Ну судя по графику нагрузки, где есть редкие пики, но и при этом, по вашим словам "зовисеит!11" даже на мнохаядреном компе, то я посмел предположить что прога всё таки не завязана под многопоток. Но в менеджере ресурсов видно, что там заюзано 35 потоков (хотя они могут быть вызваны чисто какими-то системными либами, да и вообще либами которая юзает прога