Вопросов на самом деле два:
1) Почему такие проблемы возникают и насколько это ненормально? Мне же видится что прога явно не использует все возможности железа...
2) Каким образом, не имея исходников (немцы не делятся, хотя и сама прога официально бесплатна) повысить производительность работы с этой прогой: на какой конфигурации оно будет шуршать быстрее? На одном сверхмощном ядре или на 16 ядрах невысокой мощности?