Я в AVR всегда обращался напрямую к регистрам. Ну оборачивал их в функции само собой, комментируя каждый регистр. Глядя на тело функции, всегда было понятно, что там происходит на самом низком уровне. Вот я хочу и в STM32 делать так же. А потом уже увеличивать уровень абстракции по мере необходимости.
Да дело в том, что тут это сложнее из-за порой невнятного процесса инициализации или например обработки и запуска прерываний, ну и так далее. Обычно в первом приближении я всегда делаю на HAL, затем по мере надобности просто раскурочиваю его до обращения к регистрам.
