ну по сути да, пока пройдут тесты, запушится контейнер, подтянется контейнер - это занимает время
В качестве временного решения проблемы с лежащим приложением можно использовать просто несколько инстансов приложения и на уровне сервера просто выбирать работающий(в nginx же есть backup:
http://nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_upstream_module.html)
И при деплое приложения менять инстансы по очереди.
То есть, первый инстанс приложения обновляется - у тебя на второй/запасной со старой версией идут запросы.
Первый обновился - он включается, запросы идут на него, обновляется запасной.
Ну мы пока так сделали, это было самым простым решением.
Скоро будет переделывать на работу с нодами и тогда можно будет отдельно по ноде рестартить