ну вопрос то простой, если именно в qcow2 дело - выбор нижележащей ФС не должен радикально менять процент таких проблем, тут ZFS наоборот его должна уменьшить, а не увеличить.
Тоже так казалось, но драйвера фс все разные, к тому же зфс очень по-разному работает на линухе и фрибсд, например (юзерспейс и кернелспейс) - много нюансов. В том же посте на реддите замечено, что это происходило у многих после обновления кему, а ещё были упоминания, что stacking of CoW fs’es can cause cow issues and amplify it, причём сообщалось, что это происходит с любой cow fs, т.е. и бтрфс, и глюстер и прочие. Так-что да, это некая проблема совместимости, но не прям ошибка работы конкретной фс.