Согласно Чикагской конвенции ни одна из стран не имеет право брать деньги за пролет над собственной территорией, кроме аэропортовых и аэронавигационных сборов. Соответственно, от лица государства эти деньги получает Госкорпорация по ОрВД. Если же вы имеете ввиду так называемые роялти, за пролет Европейских и Азиатских авиакомпаний по Транссибирским маршрутам, то они выплачиваются в качестве возмещения за использование коммерческих прав на эти маршруты двум конкретным российским авиакомпаниям - Трансаэро и Аэрофлоту, эти соглашения не имеют ничего общего с бюджетом, так как касаются возмещения недополученных доходов этими авиакомпаниями.