Named pipe
В линуксе приходится самому следить за ними и удалять, если что-то пошло не так. Или останется куча мусора. В винде всё освобождается автоматически
Временный каталог. Уже не помню, как это называется, но в продвинутых дистрибутивах линукса каждое приложение при запуске получает свой /temp, и это может быть реально неудобно в определённых кейсах (обновление дочерних приложений основным, например, когда оно раскладывает файлы для своих дочек, а они тупо не видят их)
Всё, что связано с бинарными модулями. Если они собрались под юбунтой, нет никакой гарантии, что соберутся под дебианом. Под виндой за всё время только один раз столкнулся с тем, что модуль собирался в семёрке и не хотел в win server, полечилось установкой флага за пять минут (из четыре с половиной минуты гугления)
Это то, что на поверхности и вспомнилось сразу