В Интернете мало найдете информации по структуре бэкенд проектов, потому что она очень гибкая и всегда зависит от самого проекта. Начните с server.js, растите файл, изучайте основные концепции, архитектурные шаблоны проектирования. Вычлейте из спагетти кода абстакции, связанные с API. Вычленяйте бизнес-логику. Простейшая цепочка от простого к сложному. Крутое сразу не создашь.