Это не сложнее, чем ноду

++

Это не будет чем то сложным, просто погугли

Поднять докер контейнер дело 2 мин)

окей, тогда буду юзать по старике мускл и секвилайз

Файловая структура как на скрине стандартна?

Стандарта нет..

Они везде есть
Нельзя же проект в одном файле написать и радоваться жизни

Все зависит от архитектуры проекта

Есть условные разделения абстракций, как и во всех проектах

А как ты их скомпонуешь, дело твое/команды

жёсткого нет

Стандартов вроде нет ни в одном языке. Они есть +- в фреймврках типо AdonisJs/Nest.js. Если вы такой фреймворк не юзаете, то организовуйте так, как вам будет удобно его поддерживать

Даже в одном высокоуровневом фреймворке, определяющем архитектуру, в разных проектах будет разная структура файлов и папок

А какая структура в несте директорий?)

на фронте один стандарт в реакте, поэтому привык

threadpool используется не в io, threadpool используется в crypto. При наличии воркеров говорить, что она однопоточна - некорректно, их может пока неудобно использовать, но возможность уже есть.
В доке:

Asynchronous system APIs are used by Node.js whenever possible, but where they do not exist, libuv's threadpool is used to create asynchronous node APIs based on synchronous system APIs. Node.js APIs that use the threadpool are:

all fs APIs, other than the file watcher APIs and those that are explicitly synchronous
asynchronous crypto APIs such as crypto.pbkdf2(), crypto.scrypt(), crypto.randomBytes(), crypto.randomFill(), crypto.generateKeyPair()
dns.lookup()
all zlib APIs, other than those that are explicitly synchronous

Что-то не похоже на правду

Как построите, такая и будет вроде, не?)