События на фронте развивались стремительно, и уже во второй половине сентября над Москвой нависла страшная опасность. Стальные клинья на советскую столицу вел сам теоретик танковой войны Гейнц Гудериан. Брянский фронт был уничтожен, дорога на Москву открыта. Москву уже не спасти, Государственный Комитет Обороны принял решения об эвакуации из Москвы руководителей наркоматов и о взрыве всех основных предприятий города.
Взорвать предполагалось и метро - в ночь на 16 число там спешно демонтировалось оборудование. Москву захлестнула паника. Тысячи, сотни тысяч людей бежали из города со своим скарбом. Машины, тележки, повозки, сплошным потоком уходили на восток. Власть в городе была отдана мародерам и грабителям. Содержимое складов раздавалось уходящим жителям.
Приказ о взрыве и затоплении метро был отменен, поставлена задача в срочном порядке смонтировать обратно оборудование, которое успели разобрать. Это сумели сделать в предельно сжатый срок, однако метро продолжало работать на половинных мощностях до середины 1942 года, когда наконец завершили восстановление демонтированного. Был запущен городской транспорт, открыты магазины.
19 октября, решением комитета обороны, в городе вводится осадное положение. Грабежи прекращаются - мародеров расстреливают на месте. Вводится трудовая повинность, сотни тысяч москвичей ежедневно направляются на строительство оборонительных рубежей.
Адольф Гитлер хвастливо обещал провести седьмого ноября, в годовщину революции, парад немецких войск на Красной Площади. В Государственном Комитете Обороны идея проведения парада была признана очень удачной.
Председатель московского городского комитета партии Щербаков поначалу не поверил своим ушам, когда Сталин спросил его, где московский комитет намерен провести торжественное собрание по случаю праздника. В качестве места для проведения собрания было выбрано самое большое на тот момент подземное помещение - станция метро "Маяковская".
Шестого ноября поезда на "Маяковской" не останавливались с самого утра. На платформе расставляли мебель и монтировали трибуну. После шести часов, времени закрытия метро, подогнали поезд, в котором был устроен буфет. Сталин приехал на заседание на поезде со стороны "Белорусской", его точный маршрут не известен по сей день.
На следующий день, как и было обещано, в Москве прошел военный парад, но принимал его не претендовавший на эту роль Гудериан, а маршал Семен Буденный. Цель была достигнута - весь мир увидел, что Москва не собирается сдаваться. К декабрю наступательная способность гитлеровских войск иссякла, а пятого декабря началось знаменитое контрнаступление, однако опасность еще далеко не миновала.
Предполагалось, что помимо защиты от бомб, метро способно защитить население и от газовой атаки Постановления Совнаркома о приспособлении метрополитена под газоубежище предполагали оборудование его сооружений гермозатворами и фильтровентиляцией и были выпущены еще в начале 1941 года, но к началу 1942 года эта работа так и не была завершена.
Во время воздушных тревог под землей разворачивался целый город. Работали магазины, парикмахерские. На станции метро "Курская" работала библиотека. В этой обстановке метрополитен продолжал строиться. Весной 1942 года, когда потребность в убежищах снизилась, строительные работы возобновились. Строилось два радиуса третьей очереди - от площади Свердлова до "Автозаводской", этот участок был пущен 1 января 1943 года, и от Курского вокзала до "Измайловской" - здесь поезда пошли 18 января 1944-го.