Y
Вот как я это сейчас представляю.
При переходе по URL сервер делает первый рендер и отправляет клиенту HTML с контентом и прилинкованным бандлом с непосредственно react приложением.
На клиенте загружается react и только навешивает event handlers на уже отрендеренную страницу. Больше рендеринг на сервере для этой страницы не происходит (пока клиент опять не перейдет на этот же URL).
При переходе на другие URL(например переход по ссылкам с этой же страницы) сервер точно так сделает первый рендер а дальше все как описал выше.