Почти все делают авторизацию в веб приложении сами, хранят список пользователей в БД приложения
Тут, как я понимаю, речь о приложении, которое авторизацию получает от домена. В принципе разработчик вполне может поддержать опрос более чем одного домена, но мне такие пока не встречались ...
Интуитивно более просто использовать приложение, которое перекладывает авторизацию на WEB сервер, но и WEB сервера вроде такого не умеют. По крайней мере я не нашел, сделал два инстанса и две точки входа.