Если у вас есть разделение исполнителей между подразделениями , то есть смысл создавать организации, иначе удобней без организаций. Но группа не аналог организации, смотрите предварительно вписывается ли применение групп в ваши процессы. Организации как бы глобальный объект на который вяжется почти все что угодно, группы имеют значительно более узкое применение на них завязывается далеко не все.
В принципе организация одна, отделы разные по виду деятельности и направлению обслуживания, услуга - техническая поддержка. Систему взяли изначально для инвентаризации. Есть еще 2-3 организации в Москве. Мысль такая - если сейчас завести дочерки по логике отделов все вроде нормально будет, но если мы решим завести в систему клиентов то что из этого выйдет? Например клиент Вася Пупкин имеет около 200 объектов по разным городам, обслуживает клиента отдел 1. Как вся эта логика с дочерними организациями впишется в заявки, отчеты, договора и прочие процессов в системе. С учётом того что разделение происходит именно в разрезе ТП наверное проще ограничиться группами