я только что у себя протетсировал - все ок, работает. Но может я просто не понял о чем речь идет.
Есть промокод, который применяется автоматически - у меня он в примере 10% - цена в заказе автоматически уменьшается на 10%. Далее я пользователю выдал промокод из другой промоакции (ДР) - и его спокойно ввел на странице оплаты -
http://prntscr.com/qfz8mvСделайте системной акцией автоматический промокод. А для ДР все оставить без изменений, и тогда его можно ввести дополнительно к начальной скидке