разложите древовидную структуру в порядке вложенности каталогов на гите (постановка, ТЗ, доки). можно использовать что угодно, хоть excel. затем все это в файловую структуру и коммит с мерджем в гит. кстати, сначала лучше структуру погонять в excel несколько дней. красота она такая... не сразу открывается))