t-SNE в принципе неплохо отрабатывает, если ваши данные в исходном признаковом пространстве действительно разнесены друг от друга (как в каноничном примере с MNIST’a), но он будет совсем плох, если ваши данные на самом деле представляют собой какой-нибудь условный рулет или бублик. t-SNE настойчиво вам будет разносить ваши наблюдения по группам («кластерам»), когда в данных исходной размерности ничего подобного нет.
Попробуйте другие методы понижения размерности ( как минимум для сравнения с результатами t-SNE). UMAP, LLE, Hessian LLE, Isomap итд