Дисперсию рокауков не надо стремиться уменьшить. Во всяком случае, не так. В статье про 5x2 кроссвалидацию, что вроде бы вы и скидывали, как раз борются с тем, что многие методы преуменьшают дисперсию, ожидаемую в реальности
+++
Высокая дисперсии метрики на фолдах как раз сигнализирует вам, что все не очень хорошо. А если специально пытаться ее минимизировать — это как мусор под ковёр старательно прятать