Да, упираюсь, и на примере confluence/Jira пока не приходилось упереться, и основной бизнес у компании - в другом :) Плагины к Jira кстати имеются, даже в облачной.
SaaS очень часто хорош именно тем, что из коробки отлично закрывает непрофильный головняк. Профильный головняк - in house разработка. Опять же, прекрасно понимаю что в идеальном мире вообще бы все своё иметь, но это долго, дорого и распыление ресурсов. Выгоднее больше на профильном бизнесе заработать :) Но если вы уже очень крупный бизнес, и срезание каких-то костов становится выгодным реально - почему бы и нет. Или наоборот, можете позволить потратить кучу ресурсов на тонкую кастомизацию под себя.
И опять же, никто не говорит что SaaS это единственный верный путь. У него так же есть ограничения, но и при этом огромные плюсы тоже.