Дело в том, что в caret отдельно передаются trainControl и expand.grid. Вся сетка параметров в expand.grid передаётся в catboost для тюнинга, а другие параметры отвечающие за вычисления (типа allowParallel) передаются через trainControl в caret. И в trainControl нет парамтера task_type. Т.е. task_type по идее некуда передавать. Кроме как напрямую в caret::train().